由於2008年9月分淡水河、新店溪及基隆河的河川汙染指標（RPI）數值偏高，引起環保人員的關注，擔心有不肖業者自上游排放汙水，導致水質遭受汙染。
經檢測10月分的河川水質，發現都已恢復為2008年的常態，淡水河及基隆河為中度汙染程度。環保局第二科科長林文楨指出，9月水質變差原因經分析，可能原因之一是水質調查前有多次颱風來襲，且帶來豐沛雨量，當時為考慮防洪安全而關閉所有截流站，除引入部分生活汙水至淡水河外，也有部分非點源汙染經沖刷而匯入，而造成水質異常。
10月的水質資料則顯示，淡水河系各河川的溶氧、生化需氧量、氨氮及懸浮固體物濃度都已較2008年的平均值為佳，河水不發臭，水質有明顯改善。