中華紙漿花蓮廠排放臭氣的情形經常被民眾檢舉，花蓮縣環保局除持續稽查管制外，華紙也積極配合進行臭味改善工程。在瀑氣池、污泥池、冷卻水塔、肥料堆置場等臭氣逸散源四周安裝水幕除臭系統，並使用漂白水噴灑煙道降低煙道臭氣排放，這些改善工程已陸續完工，但卻始終無法完全解決臭味逸散問題。
環保局從民國94年起至今，針對華紙臭味檢測達39次，總計檢測107件樣品，其中處分10件，罰款總計達新台幣3百60萬元。
環保局長戴文堅表示，雖然華紙臭氣排放情形不盡然完全違反法令規定，但與民眾的期待仍有很大的距離，環保署也相當重視這個問題，現正著手檢討現行臭氣排放標準，環保局也將持續稽查督促華紙改善臭氣問題。