台南三大污染河川鹽水溪、二仁溪及急水溪污染河段水質改善，2018年以鹽水溪表現最佳，嚴重污染河段比2017年減少了1.2公里。環保局表示，鹽水溪流域在永康及安南的污水處理系統陸續投入施作後，前景可期，未來鹽水溪的水質將只會愈來愈好。
環保局表示，評估河川水質的綜合性指標為「河川污染指數」，主要是以水中溶氧量、生化需氧量、懸浮固體物與氨氮等4項水質參數的濃度值，來計算、判定河川水質污染程度。
環保局調查，2018鹽水溪上游測站懸浮固體物濃度大幅改善，嚴重污染比例下降。鹽水溪嚴重污染河段主要位於河川中下游處，已由2017年的4.9公里，減為2018年的3.7公里，共減少1.2公里。
急水溪部分，嚴重污染河段2017年為10.1公里，2018年增加到17.2公里，大幅增加了7.1公里。至於二仁溪部分，2017年嚴重污染河段有12.9公里，2018年則增為14.8公里，增加了1.9公里。