高市鳳山溪上游百家工廠林立，造成水質不佳，近來一度出現死魚，水利局斥資6000多萬元，溯源坔埔排水及鳳山圳，推動水質淨化工程，目前施作沉澱、過濾池等，預計2019年3月完工，改善鳳山溪水質，更維護生態環境。
鳳山溪流經大寮、鳥松、鳳山、前鎮等區，水利局2年多來推動污水截流等工程，施作19處截流設施，減少濟安橋以下河段污水排入，並完成污水用戶接管76000多戶，提升鳳山區用戶接管率超過50%。
環保局沿線設置的水質監測站顯示，鳳山溪已從嚴重污染降至中度污染，嚴重污染長度從2013年9.8公里，降至2017年0.7公里，將繼續推動鎮北里用戶接管。
目前僅剩上游鳳山圳及坔埔排水受事業污染群聚排放影響，加上鳳山區牛稠埔地區發展快速，光鎮北里就有20多棟大樓林立，大量生活污水排入坔埔排水，仍屬於嚴重污染河段，近來一度出現死魚。