遠洋漁業三法實施後，高額罰鍰讓漁民苦不堪言，包含蘇澳、琉球、東港等2000多名漁民6日下午到立法院前抗議，要求修正漁業三法調整罰鍰、取消漁工逃脫6個月限制僱用規定以利漁船出港作業，政府應強力護漁、讓漁業不適用勞基法等。
農委會漁業署透過新聞稿指出，遠洋漁業條例明定對重大違規行為處較高額度罰鍰，以嚇阻IUU（非法、未報告及不受規範）重大違規情事發生，所訂定罰鍰與鄰近國家相較並無過高，且該條例的通過是表明台灣與國際共同合作打擊IUU漁撈行為的承諾，並無修改的空間。
針對漁業應排除勞基法適用、另訂漁業專法規範訴求方面，農委會表示，已建請勞動部將漁業列入勞基法責任制行業，後續將洽勞動部進行協商，漁業署已請各漁會提供不同漁法的工時，未來將組成工作小組共同研商漁業勞動適用規範。