位在台南、高雄交界處的二仁溪，經過多年整治，沿岸還設立溼地，不過整治真的有成效嗎？根據環保局調查，二仁溪嚴重污染河段卻不減反增，從民國105年14.1公里到106年21.7公里，增加7.6公里居冠，其次是鹽水溪，民國106年嚴重污染河段，也增加4.3公里，急水溪則增加2.1公里，成為全市三大污染河川，對此，環保局表示，106年降雨少為主因。
根據環保局資料統計，以往造成台南河川污染的主因最主要是民生廢水、工廠污染以及畜牧污染，這三樣佔了大多數，因此台南市政府也有相關作為。
環保署表示，全台河川嚴重污染河段比例，這10年來持續下降，不過確實受到降雨減少的因素，民國106年全國嚴重污染河段比例，比民國105一年增加1%，凸顯出河川基流量減少，讓排放至河川的污染物，濃度相對提高。
