全台最大高雄港空污，占高市1/3，環保局與高雄港攜手防制空污，除高雄港將增設空品監測站，推動船舶使用低硫燃油，搶先國際於2019年1月上路，每年減少硫氧化物6300多公噸。
根據市府環保局統計，高市2015年PM2.5紅害日有288天，2017年降至214天，環保局力拚2019年減半。環保局已公告高雄港為低污染運具示範運行區，管制柴油車需取得環保署認證標章才能進入港區，經攔檢不合格者最高罰6萬元，將待空污法修法通過，改為空氣品質維護區，禁止一、二期柴油車入港。
依據國際MARPOL公約，2010年起船舶使用油料的含硫量不得超過0.5％，高雄港將搶先國際於2019年1月上路。