為了改善台南縣工業廢水汙染河川的問題，環保署計畫透過經費補助等方式，讓工業廢水接管堆截流淨化，或協調工業局補助工業區興建汙水廠。但此舉在地方已引起爭議。
環保署長張國龍日前視察三爺溪虎尾寮汙水處理廠，允諾將來要補助三爺溪汙水截流整治、柴頭港溪水質淨化、和順工業區施作汙水處理廠。 但虎尾寮汙水處理廠的土地是無償取得，環保局樂觀其成，但地政、工務單位卻有不同見解。至於重劃區抵費地所建的汙水廠，如果要一併處理其他來源的汙水，理應「收費」以符公平原則。特別是對那些非法排放汙水的工廠，截流接管的工程及處理費，都一定要向業者徵收。