台南縣市與高雄縣交界的二仁溪，從河口一直到長榮大學長達10餘公里的河段，一夕之間全部染黑，河水污臭不堪，為近10年來最嚴重的一次污染事件。 污染的原因仍待調查，包括枯水期藻類孳生、上游南縣及高縣的工業、畜牧廢水及附近的路竹垃圾掩埋場滲出水都有可能，20日已通報環保署進行追查。
社大老師晁瑞光表示，過去二仁溪在環保署及河川志工的努力下，維持一段不錯的成績，如今又回復到過去的污黑惡臭。據附近民眾表示，他們在17日上午，即發現一夕之間河水全變成黑色，漁船行經的水面還會產生很多的泡泡，而且久久不散，十分難聞。