針對媒體報導，國防部在太平島拓寬道路，導致生態浩劫，國防部表示，相關工程是將原有道路拓寬、加厚，設計上已預先避開林木茂盛區域，僅在島上中央道路林木較少區域施工，施作範圍僅占全島11%，絕大部分區域林木均保留，並未破壞生態。國防部軍事發言人室也澄清，施工期間也無中研院學者登上太平島，而是於6、7月間，向行政院業管委員及珊瑚礁學會理事長，提報相關工程設計、施工，並獲得理解與認同。
國防部軍事發言人室並指出，國防部是為協助海巡署因應特殊緊急事故，執行人道救援、海事、漁民服務及救難工作的道路拓寬工程，長度1,150公尺。