高屏溪是大高雄地區重要的飲用水水源，在環保署的大力整治下，目前高屏溪上游的水質已經明顯改善，但是中下游還是因為工業廢水以及養豬戶污水的排放，污染嚴重。為了打擊工業排放廢水污染水質，環保署運用傳統水質監測器，結合新科技電子及時傳訊設備，針對可疑的工廠進行24小時連續監測，督察大隊一旦發現水質不符放流水標準，電子設備就會傳送手機簡訊給督察隊，前往調查開罰。
環保署環境督察總隊大隊長李建德表示，環保署進行90到94年高屏溪水質監測，發現高屏溪在嶺口橋，月眉橋、新旗美橋等監測站部分已經從中度污染，提昇到未受污染，如果以污染長度計算，未受以及輕度污染部分，由68.3%，提昇到90.8%，中度與嚴重污染部分由31.7%，降低為9.2%，顯示高屏溪流域的水質確實有變好的趨勢。
不過，李建德強調，高屏溪中下游還是有不肖業者亂排工業廢水，以及養豬戶污水，尤其以高屏大橋以下到雙園大橋河段間，河段水質逐漸惡化，而上游則是因為實施養豬戶拆遷補償，養豬戶已經減少許多，離牧成果不錯。