「大漠明珠」月牙泉水位在連續30多年下降後，2006年首次上升。雖僅上升5公分，但已很令各界歡欣，希望月牙泉不要乾涸見底。近幾十年來，隨著敦煌綠洲生態持續惡化，地下水位下降，月牙泉水位也隨之下降，自1970年代以來，敦煌地下水位共下降了10.7公尺，平均每年降0.41公尺。
為了恢復月牙泉的昔日風采，自2002年開始，中國有關部門和甘肅省累計投資了3700多萬人民幣（約1.48億台幣），採用增加地表水與提升地下水位結合的方式，實施「綜合人工回灌滲水」治理工程，為月牙泉增加水分。月牙泉水位首次上升5公分，一方面是敦煌地區黨河流域降雨量增加，地表水下滲抬高地下水位；另方面就是實施「綜合人工回灌滲水」工程發揮作用。