為阻止柯市府與遠雄進行黑箱通過的移樹斷根工程，松菸護樹志工團連續六天發動護樹行動，20日與遠雄工人爆發肢體衝突，護樹志工團表示，不僅發生圍籬倒塌、女性志工遭言語性騷擾，更有年輕志工因遠雄工人粗暴動作，後腦撞擊鐵門造成嘔吐暈眩等腦震盪的症狀，由救護車載送前往國泰醫院急診就醫。
護樹志工團批評，若非1月24日柯市府在遠雄「公安未完成改善」、「未完成BOT契約議約」、「建照未完成變更」、「都審環評未通過」、「未與護樹志工溝通」的情況下，主導核發移樹許可要求遠雄強行移除樹木，根本就不會發生衝突事件。
松菸護樹志工團也發現，現場施工圍籬原有的橫向支撐腳全部懸空，如遇強風很有可能整片傾倒，引發更嚴重的公安事故，卻未見北市府建管單位積極監督。痛批柯市長口中的「高規格移樹」就是放任遠雄胡搞亂搞。
20日上午，游藝等三位護樹志工也前往「2017台北自然生態保育活動」活動現場，當面要求柯市長公開說明清楚為何要讓遠雄移樹。當天活動主題是「傾聽大自然的聲音，傾聽台北的聲音」，但根據市政府新聞稿，柯文哲對護樹團體的回應是：「移樹還是有SOP，其實北市府也都會盯著，如果對方已經遵守移樹SOP，市府如果又不給動，這也滿為難的，有時候法律訂出來，規則也訂出來，總是要照規則走。」
針對台北市政府，松菸護樹志工團強調五點訴求：
- 立即廢止2017年5月4日樹木移植核准函。
- 在遠雄「公安改善」、「建照變更通過都審、環評」、「通過建照變更核准全面復工」、「BOT契約重新議約」、「與護樹團體溝通」等事項完成前，不得進行樹木斷根、移植工程。
- 柯市長親自主持大巨蛋爭議公聽會釐清所有問題。
- 未來任何有關大巨蛋周邊行道樹移植會議應主動通知松菸護樹志工團與會。
- 開放全民共同監督施工狀況，立即撤除大巨蛋周邊行道樹旁的鐵皮圍籬。
