受聖嬰現象引發的乾旱影響，巴拿馬運河管理局宣布18日起實施第一階段吃水深度限制，過河船隻最大吃水深度限為11.89米，而正常限度則為12.04米。29日和5月9日，運河管理局還將採取第二和第三階段限制措施，每一階段的最大吃水深度遞減15厘米。
受聖嬰現象影響，為運河供水的加通湖和阿拉胡埃拉湖水位已降至同期水位平均值以下。根據氣象部門預報，雨季將在5月中旬後開始，但也可能延遲到6月初。
連結太平洋與大西洋的巴拿馬運河全長80餘公里，年過往船隻約1.4萬艘。歷史上，同樣受聖嬰現象影響，巴拿馬運河曾在1998年採取過類似限航措施。