行政院海洋委員會7月4日正式成立，不過民進黨立委段宜康21日質疑，「海洋委員會組織法」立法過程倉促，缺乏妥善配套規劃，是「糊塗大立法」；立院司法及法制委員會昨因此通過民進黨團臨時提案，行政院在重新通盤檢討海洋委員會及其所屬機關的職掌、功能及行政資源配置之前，暫緩施行海洋委員會組織法。
行政院秘書長簡太郎會後表示，5/20之後的事情，交由新政府決定，對於委員會的決議予以尊重。
立法院去年三讀通過「海洋委員會組織法」，明定行政院特設海洋委員會，掌理海洋總體政策與環境保護規劃，下設三級機關「海巡署」、「海洋保育署」，以及三級研究機構「國家海洋發展研究院」。海委會與海巡署預定7月4日成立，海洋保育署與國家海洋研究院則待海委會成立後再行籌備。
段宜康強調，海洋委員會組織法立法過於倉促，未全面考量中央機關設置與行政資源分配的合理性，有違反中央行政機關組織基準法之虞，要求行政院通盤檢討海委會及所屬機關的職掌、功能與資源配置。