農委會為防堵禽流感，日前公告規定放山雞必須採密閉式飼養引發台東雞農強烈反彈，經台東縣政府反應後，農委會同意採納縣府建議，參照水禽飼養方式採「半開放式」飼養，既可達到防疫目的，亦能保有台東放山雞特色。
禽流感疫情未歇，為防範2015年秋冬候鳥過境帶來新一波疫情，農業委制定「H5、H7亞型家禽流行性感冒防疫措施」，放山雞必須採密閉式或非開放式飼養，將於2016年6月起執行。這項防疫措施不但要加設頂棚，還要全區圍網，將使台東放山雞失去特色，無法與西部土雞競爭，對8成以上飼養放山雞台東養雞農而言，簡直斷其生路，因而引發養雞農強烈反彈。