在農業取得快速發展的同時，大量使用化肥、農藥，污染了土壤、作物、水體，制約著農業由數量型向質量效益型的轉變。
化肥、農藥的使用，提高了糧食產量，也造成了土壤板結、肥力下降以及地表、地下水污染的一系列嚴重的後果。而不可降解的農膜造成的白色污染，規模化養殖產生的畜禽糞便，也對土壤、水源和空氣造成嚴重的污染。
中國國家統計局的數據顯示，目前全中國鄉鎮企業廢水、廢氣、廢物的排放已超過工業企業污染物排放的一半以上。
面對日趨嚴重的農村環境問題，甘肅政協委員張全新表示，從政府到老百姓，必須增強農村環保意識，充分利用各種媒介宣傳環境保護的知識和政策。甘肅政協委員王正芳則認為，必須糾正「農村環境就這個樣」的這種根深蒂固的錯誤思想。
環保意識薄弱，導致環境治理臨時應對，上邊熱、下邊冷。「明確責任主體」成為政協委員建議地方政府管理農村環境的重點。加大財政投入，同時也要加強專人管理。
土壤污染、河流污染、塑膠薄膜污染等新問題在現行立法中基本空白。張全新對這一現狀表示極為擔憂，他認為，農村環境保護法律法規的不健全，成為制約農村環境保護的重要問題。